Оренбургский (бывший Чкаловский) государственный медицинский институт был организован в августе 1944 года. Первым заместителем директора по научно-учебной части был профессор Лазаренко Федор Михайлович.

В первые годы существования института оформился и успешно развивался ряд актуальных научных направлений: сердечнососудистая патология (проф. Р.Г.Межебовский, кафедра госпитальной терапии), абдоминальная хирургия (проф. А.С.Альтшуль, кафедра общей хирургии), неотложная и пластическая хирургия (доц. С.П.Вилесов, кафедра госпитальной хирурги), гистогенез и регенерация эпителиев (член-корр. АМН СССР, проф. Ф.М.Лазаренко, кафедра гистологии), анатомия лимфатической системы (проф.И.И.Косицын, кафедра анатомии человека) и другие. Ежегодно в институте проводились по две научные конференции. В 1949г. были изданы первый сборник научных трудов института и первый сборник научных студенческих работ.

В последующие годы заместителями директора по научно-учебной работе были: с 1944г проф. Н.Н.Назаров, с 1945г. проф. И.И.Медведев, с 1946г. проф. Н.Н.Назаров, с 1947г. проф. А.О.Шульга, затем проф. А.И.Волоконенко, с 1952г. проф. И.В.Сидоренков, с 1954г. проф. Л.Н.Попов, с 1957 г. доц. А.К.Силантьев, с 1959г. проф. К.И.Элигулашвили.

На 50-е годы приходится начало защит сотрудниками института докторских и кандидатских диссертаций, полностью выполненных в кафедрах института. Первая такая кандидатская диссертация, посвященная эпидемиологии бруцеллеза, была защищена в 1952г. доцентом кафедры микробиологии А.А.Уваровым. В 50-е годы к существовавшим уже научным направлениям добавились целенаправленные исследования по патологии органов дыхания (проф. В.А.Симагина, кафедра факультетской терапии), функциональной отохирургии (проф. А.О.Шульга, кафедра оториноларингологии), завершились исследования по бруцеллезу (проф. Б.Г.Хайкина, кафедра микробиологии), сформировалось фундаментальное направление научных исследований по физиологии и регуляции дыхания под руководством проф Г.А.Вакслейгера (кафедра нормальной физиологии). Проводились актуальные прикладные исследования по гидробиологии реки Урал (доц. Б.С.Драбкин, кафедра биологии), по изучению Оренбургской минеральной воды и ее лечебном применении (под руководством доц.Л.Е.Олифсона и проф. В.А.Симагиной), по эндемическому зобу (проф. А.С.Альтшуль, кафедра общей хирургии).

В 1961г. на должность проректора по научно-учебной работе был назначен доц.А.Д.Шайков. С 1963 на эту должность был назначен доц. Л.Ф.Еременко. В 1965г. эта должность была разделена на две. Проректором по научной работе был назначен проф. Д.А.Сигалевич, а с конца 1966г.- доц.И.И.Каган.

Значительно укрепилась база научно-исследовательской работы, прежде всего благодаря организации в 1960-62гг. четырех межкафедральных научно-исследовательских лабораторий при кафедрах нормальной физиологии, оперативной хирургии и топографической анатомии, микробиологии, биологической химии.

Проф.Ф.М.Лазаренко	Проф.А.И.Волоконенко	Проф.И.В.Сидоренков	Проф.Л.Н.Попов	Доц.А.К.Силантьев
Проф.К.И.Элигулашвили	Доц.А.Д.Шайков	Доц.Л.Ф.Еременко	Проф.Д.А.Сигалевич	Д.м.н.И.И.Каган
Проф. З.К.Забегальская	Проф.Я.И.Коц	Проф.Б.А.Фролов	Проф. Н.П.Сетко

Активизация научно-исследовательской работы и приход в институт новых ученых привели, наряду с развитием традиционных научных направлений, к формированию новых, таких как: экспериментальная и клиническая онкология (проф. Е.П.Кожевникова, проф. Л.Ф.Линник), иннервация оболочек нервов (проф. Д.А.Сагилевич), анатомия и иннервация вен центральной нервной системы, экспериментальная хирургия вен и полых органов (проф. С.С.Михайлов, д.м.н. И.И.Каган), естественная резистентность организма (проф.О.В.Бухарин), хирургические лечение тугоухости (проф. А.О.Шульга, доц. Ю.П.Толстов) и другие.

В 1962 году были образованы 9 проблемных комиссий. Усилилась изобретательская и рационализаторская деятельность. В 1961 г. была организована комиссия, преобразованная позже в бюро по рационализаторской и изобретательской работе. В институте стали проводиться всесоюзные и республиканские конференции, симпозиумы, пленумы.

Проректором по научной работе с 1970г. работала проф. З.К.Забегальская. Успешно продолжались в этот период научные исследования по ведущим проблемам института: кардиологии, онкологии, морфологии, педиатрии, хирургии. Особенно большое развитие получило научное направление по изучению естественной резистентности организма и прикладной иммунологии на кафедре микробиологии совместно с рядом клинических кафедр под научным руководством проф. О.В.Бухарина. Главным событием в институте в связи с этим научным направлением была организация в 1976г. проблемной научно-исследовательской лаборатории по изучению механизмов естественного иммунитета, которая стала одним из ведущих научных подразделений института.

Большое значение для развития прикладных научных исследований на хоздоговорных основах имела организация в институте в 1978г. научно-исследовательского сектора. С 1982г. поректором по научной работе являлся проф. Я.И.Коц, с 1988г.- проф. Б.А.Фролов. В рамках научных проблем, разрабатываемых институтом, были выполнены крупные циклы исследований по персистенции микроорганизмов, клинической иммунологии, роли стресса в развитии иммунологических реакций, физиологии и патологии внешнего дыхания, морфологии магистральных вен, нарушениям венозной циркуляции в центральной  нервной системе, по патологии сердечнососудистой системы, актуальным проблемам травматологии, онкологии.

Широко развернулись исследования в области педиатрии (сердечно-сосудистой патологии детского возраста, детской нефрологии, нарушениям обменных процессов), ревматологии, по экологии человека и окружающей среды, изучению демографических показателей состояния здоровья населения, экспериментальному и клиническому изучению адаптации к гипоксии.

В научно-исследовательском секторе был образован научный совет, организованы лаборатории: электронной микроскопии, гигиены труда и промышленной токсикологии, клинико-иммунологическая, создана социологическая группа.

В 1990г. был открыт специализированный совет для защиты кандидатских диссертаций по специальностям: гигиена, педиатрия, социальная гигиена и организация здравоохранения. Через 3 года он был реорганизован в Совет по присуждению ученых степеней доктора и кандидата  медицинских наук.

В начале 90-х годов особенно интенсивно развивались научные исследования по экологии на кафедрах микробиологии, гигиены, по иммунологии в проблемной лаборатории, по микрохирургии на кафедре оперативной хирургии и топографической анатомии, по ревматологии на кафедре внутренних болезней №2, по применению гипобарической гипоксии на кафедрах биохимии, внутренних болезней №1, детских болезней, кожных и венерических болезней, по детской нефрологии на кафедре факультетской педиатрии, по лечебному применению бактерийных препаратов на кафедре травматологии, ортопедии и ВПХ.

В 1990г. по результатам научных исследований, выполняемых под руководством проф. О.В.Бухарина, в г.Оренбурге была организована Лаборатория персистенции микроорганизмов Института экологии и генетики микроорганизмов Уральского отделения РАН. Через 2 года она была преобразована в Отдел персистенции микроорганизмов этого же института.

В 2001 г. произошло два события, оказавшие большое влияние на подготовку в академии научно-педагогических кадров. Одна из них – реформирование диссертационных советов, в результате которого были открыты 4 диссертационных совета (3 докторских и 1 кандидатский) по 12 специальностям. Второе событие – открытие докторантуры по трем специальностям: микробиологии, анатомии, кардиологии – на трех кафедрах: микробиологии, оперативной хирургии и клинической анатомии, госпитальной терапии.

В 2000г. была организована в структутре ОрГМА клиника адаптационной терапии на базе санатория «Строитель» (главврач – Заслуженный врач РФ, к.м.н. В.Г.Лейзерман).

В 2002г. при кафедре гистологии, цитологии и эмбриологии организована проблемная научно-исследовательская лаборатория «Нейро-эндокринная регуляция взаимодействия про- и эукариотов» (зав. – проф. А.А.Стадников), включенная в Оренбургский филиал Южно-Уральского научного центра РАМН.

В 2002 -2003 гг. были изданы оренбургские выпуски журналов «Гигиена и санитария» (№5. – 2002), «Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии» (№4. – 2003), «Морфология» (№5.-2003).

В 2004 году на IVМосковском международном салоне инноваций и инвестиций проф. Б.Г. Нузов и ОрГМА награждены серебряной медалью и дипломом за разработку «Ранозаживляющий препарат «Милиацил».

В 2005 году на VМосковском международном салоне инноваций и инвестиций ОрГМА награждена золотой медалью и дипломом за разработку «Способ лечения детей с патологией щитовидной железы» (коллектив проблемной лаборатории), а также Серебряной медалью и Дипломом за разработку «Хирургическая реабилитация больных тугоухостью» (кафедра оториноларингологии).

29 марта 2005 года открыта стоматологическая клиника. Заведующим назначен зав. кафедрой стоматологии и челюстно-лицевой хирургии А.А. Матчин.

В 2006 году на VIМосковском международном салоне инноваций и инвестиций ОрГМА награждена бронзовой медалью и дипломом 3 степени за разработку «Способ прогнозирования патологии почек у детей, проживающих в регионах с высокой антропогенной нагрузкой тяжелыми металлами» (проф. А.А. Вялкова, проф. Н.П. Сетко, проф. Л.Ю. Попова), а также бронзовой медалью и дипломом 3 степени за разработку «Применение бальнеопелоидотерапии у детей с патологией опорно-двигательного аппарата» (коллектив проблемной лаборатории).

Приказом по ОрГМА № 98 от 26.02.2006 г. создан редакционно-издательский совет с целью осуществления эффективного контроля над обеспечением высокого качества издаваемой научной и учебно-методической литературы, содействия руководству академии в управлении редакционно-издательской деятельностью, ее развитию и совершенствованию (председатель совета –профессор А.А. Стадников).

В 2007 году на VIIМосковском международном салоне инноваций и инвестиций ОрГМА награждена Золотой медалью и Дипломом за разработку «Новые микрохирургические восстановительные операции на венах при венозной патологии нижних конечностей» (кафедра факультетской хирургии (зав. – проф. Б.Г. Нузов) и кафедра оперативной хирургии и клинической анатомии (зав. – проф. И.И. Каган).

С 2009г. проректор по научной и инновационной работе ГОУ ВПО ОрГМА Росздрава проф. Н.П.Сетко.

В 2009 году утвержден локальный этический комитет при ОрГМА. (председатель - проф. К.М. Иванов).

В 2010 году организован отдел инновационных проектов и международных связей.

В 2011 году создан Научно-инновационный центр и утверждены положения о его структурных подразделениях.

В марте 2013 года вышел из печати первый выпуск журнала «Оренбургский медицинский вестник»

С 2013 года возобновил работу факультет иностранных студентов.

Указанные меры содействовали дальнейшему укреплению и развитию научно-исследовательского комплекса академии.

С 2015 года проректор по научной, инновационной и международной деятельности ГБОУ ВПО ОрГМУ Минздрава России д.м.н. С.Н. Лященко.