Научно-исследовательская работа в ФГБОУ ВО ОрГМУ Минздрава России проводится сотрудниками Университета по определённым направлениям ведущих научных школ, таких как:
- Оренбургская научная школа клинической анатомии и экспериментальной хирургии.
Научный руководитель: д.м.н., профессор, Заслуженный деятель науки РФ, Заслуженный работник здравоохранения г. Оренбурга И.И. Каган.
- Оренбургская гистологическая научно-педагогическая школа.
Научный руководитель: д.м.н. профессор, Заслуженный деятель науки РФ, Заслуженный работник высшей школы РФ А.А. Стадников.
- Научно - педагогическая школа абдоминальной и пластической хирургии. Научный руководитель: д.м.н., профессор, Заслуженный врач РФ В.С. Тарасенко.
- Оренбургская научно-педагогическая школа кардиологов.
Научный руководитель: д.м.н., профессор Р.А. Либис.
- Научно-педагогическая школа ревматологов.
Научный руководитель: д.м.н., профессор Г.Г. Багирова.
- Научно-педагогическая школа педиатрии.
Научные руководители: д.м.н. профeccoр А.А. Вялкова, д.м.н., профессор, М.А. Скачкова, д.м.н., профессор, Л.Ю. Попова, д.м.н., профессор, Г.Ю. Евстифеева.
7. Научно-педагогическая школа оториноларингологов.
Научный руководитель: д.м.н., профессор И.А. Шульга, к.м.н., доцент М.И. Аникин.
8. Психиатрическая научно-педагогическая школа.
Научный руководитель: д.м.н., профессор В.Г. Будза.
9. Научно-педагогическая школа хирургической гепатологии. Научный руководитель: д.м.н., профессор, Заслуженный врач РФ А.А. Третьяков.
10. Научно-педагогическая школа Оренбургских гигиенистов.
Научный руководитель: д.м.н., профессор, Заслуженный деятель науки РФ, Заслуженный работник высшей школы РФ В.М. Боев.
11. Научно-педагогическая школа «Профилактическая медицина».
Научный руководитель: д.м.н., профессор Н.П. Сетко.
12. Научно-педагогическая гидробиологическая школа.
Научный руководитель: д.м.н., профессор Г.Н. Соловых.