Научно-исследовательская работа в ФГБОУ ВО ОрГМУ Минздрава России проводится сотрудниками Университета по определённым направлениям ведущих научных школ, таких как:

1. Оренбургская научная школа клинической анатомии и экспериментальной хирургии.

Научный руководитель: д.м.н., профессор, Заслуженный деятель науки РФ, Заслуженный работник здравоохранения г. Оренбурга И.И. Каган.

1. Оренбургская гистологическая научно-педагогическая школа.

Научный руководитель: д.м.н. профессор, Заслуженный деятель науки РФ, Заслуженный работник высшей школы РФ А.А. Стадников.

1. Научно - педагогическая школа абдоминальной и пластической хирургии. Научный руководитель: д.м.н., профессор, Заслуженный врач РФ В.С. Тарасенко.
2. Оренбургская научно-педагогическая школа кардиологов.

Научный руководитель: д.м.н., профессор Р.А. Либис.  

1. Научно-педагогическая школа ревматологов.

Научный руководитель: д.м.н., профессор Г.Г. Багирова.

1. Научно-педагогическая школа педиатрии.

Научные руководители: д.м.н. профeccoр А.А. Вялкова, д.м.н., профессор, М.А. Скачкова, д.м.н., профессор, Л.Ю. Попова, д.м.н., профессор, Г.Ю. Евстифеева.

7. Научно-педагогическая школа оториноларингологов.

    Научный руководитель: д.м.н., профессор И.А. Шульга, к.м.н., доцент М.И. Аникин.

8. Психиатрическая научно-педагогическая школа.

    Научный руководитель: д.м.н., профессор В.Г. Будза.

9. Научно-педагогическая школа хирургической гепатологии. Научный руководитель: д.м.н., профессор, Заслуженный врач РФ А.А. Третьяков.

10. Научно-педагогическая школа Оренбургских гигиенистов.

      Научный руководитель: д.м.н., профессор, Заслуженный деятель науки РФ, Заслуженный работник высшей школы РФ В.М. Боев.

11. Научно-педагогическая школа «Профилактическая медицина».

      Научный руководитель: д.м.н., профессор Н.П. Сетко.

12. Научно-педагогическая гидробиологическая школа.

      Научный руководитель: д.м.н., профессор Г.Н. Соловых.