Кафедра факультетской хирургии организована в 1944 году. Она базировалась до 1986 года в областной клинической больнице.

Возглавил кафедру в 1944 году профессор Николай Николаевич Назаров. Им опубликовано 118 работ, монография на тему «Применение алкоголя в хирургии. В эти годы в клинике внедрена алкоголизация симпатических нервных стволов в лечении заболеваний желудочно-кишечного тракта и конечностей.

В 1947 году заведующим кафедрой избирается профессор Михаил Исаакович Левантовский.С 1947 по 1961 год он – заведующий кафедрой, председатель Оренбургского областного общества хирургов и главный хирург облздравотдела. Им опубликовано 50 научных работ, в том числе монография «Сосудистая система спинного мозга человека». В клинике стали использоваться внутрикостная анестезия новокаином, внутрикостное введение пенициллина, эхинококкэктомия печени и легких, хирургическое лечение закрытых повреждений и опухолей спинного и головного мозга, рака пищевода, рака и нагноительных заболеваний легких, опухолей мочевой системы.

С 1961 по 1971 год кафедрой заведовал профессор Василий Георгиевич Митрофанов. Научное направление кафедры в те годы касалось двух основных проблем – онкологии и трансплантации органов и тканей. Под его руководством выполнено 5 кандидатских диссертаций, 52 научные работы. Большая заслуга в развитии торакальной хирургии в те годы в Оренбургской области принадлежит доценту кафедры Якубович Валентине Александровне.

С 1971 по 1992 год кафедрой заведовал профессор Юрий Сергеевич Силаев. Под руководством Ю.С.Силаева защищено по различным вопросам хирургии 10 кандидатских диссертаций. В те годы в клинике были применены следующие методы исследования: портография, лимфография, полярография, фиброгастродуоденоскопия, холедохоскопия, колоноскопия. Среди оперативных вмешательств следует выделить: резекцию аорты, ваготомию, операции Огнева и Диеца при эндартериите, сосудистые анастомозы, панкреатодуоденальную резекцию.
В 1986 году кафедра перешла на новую базу в многопрофильную муниципальную городскую клиническую больницу им. Н.И.Пирогова, в структуре которой имеется хирургическое отделение, отделения сосудистой и гнойной-септической хирургии.
С 1993 года кафедрой заведует Заслуженный врач РФ, доктор медицинских наук, профессор Борис Григорьевич Нузов.

С 1993 по март 2011 год кафедрой заведовал заслуженный врач РФпрофессор Борис Григорьевич Нузов.
1944 года рождения, в 1967 году окончил Оренбургский медицинский институт с отличием. Борис Григорьевич Нузов одиннадцать лет работал в практическом здравоохранении, с 1978 г. в Оренбургском медицинском институте. Ученая степень кандидата медицинских наук присуждена в 1973 году, ученая степень доктора наук – в 1992 году, звание профессора присвоено в 1994 году. Выполненная кандидатская диссертация посвящена экспериментальному изучению гемодинамики и дыхания при шоке, вызванном странгуляционной кишечной непроходимостью и его терапии гидрокортизоном и норадреналином.

Докторская диссертация связана с разработкой способов комплексного лечения гнойных ран. Он прошел путь от ассистента до заведующего кафедрой факультетской хирургии, которую возглавил в 1993 году. А под руководством профессора, заслуженного деятеля науки РФ. Олифсона Л.Е. выполнил докторскую диссертацию на тему: «Комплексное лечение гнойных ран с использованием ненасыщенных жирных кислот и растительных стероидов», которую успешно защитил в Московской медицинской академии им. И.М.Сеченова в 1991 году. Борис Григорьевич вместе с Львом Ефимовичем Олифсоном впервые разработали в нашей стране и клинически внедрили оригинальный ранозаживляющий препарат – Милиацил. Борис Григорьевич автор более 200 научных работ, 10 патентов на изобретения. Он выпустил монографию по хирургии «Стимуляция репаративной регенерации тканей». – М.: ОАО «Издательство Медицина», 2005 год, 165с. которая была посвящена его учителю – Л.Е.Олифсону. Борис Григорьевич Нузов занимался гнойной, абдоминальной, сосудистой хирургией.

Борис Григорьевич был удостоен пяти Дипломов Лауреата премии Администрации Оренбургской области в сфере науки и техники Б.Г. Нузов был награжден серебряной медалью ВДНХ СССР (1990 год), серебряной медалью IY Московского международного салона инноваций и инвестиций (2004 год), золотой медалью YII Московского международного салона инноваций и инвестиций (2007 год), золотой медалью на III Всероссийском форуме – Российским инновациям – Росиийский капитал (2010 год), серебряной медалью на X Московского международного салона инноваций и инвестиций (2010 год). На протяжении многих лет он возглавлял проблемную комиссию по хирургии в Оренбургской государственной медицинской академии. Под руководством Б.Г. Нузова совместно с профессором А.А. Стадниковым выполнены следующие кандидатские диссертации:

1. 1. Солосин Валерий Валерьевич, заведующий эндоскопической службой МГКБ им.Н.И. Пирогова, главный эндоскопический хирург г. Оренбурга, защитил диссертацию в 2000 году «Эффективность использования милиацила в комплексном лечении язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки»;
2. 2. Нузова Ольга Борисовна, доцент кафедры факультетской хирургии, защитила диссертацию в 2003 году «Комплексное лечение трофических язв нижних конечностей с сочетанным применением милиацила и лазерного излучения»;
3. 3. Бородин Валерий Игоревич, старший ординатор сосудистого отделения МГКБ имени Н.И. Пироговав 2004 году защитил диссертацию «Клинико-морфологическое обоснование использования милиацила в комплексном лечении острого варикотромбофлебита»;
4. 4. Бородулин Александр Владимирович, заведующий хирургическим отделением больнице г. Переволоцк защитил диссертацию в 2005 году «Применение милиацила и лазерного излучения в комплексном лечении острого варикотромбофлебита»;
5. 5. Файзулина Регина Ринатовна, врач-хирург МГКБ им. Н.И. Пирогова защитила диссертацию в 2010 году «Сочетанное применение милиацила и физических методов воздействия в комплексном лечении гнойно-некротических процессов у больных с синдромом дибетической стопы».

Борис Григорьевич Нузов плодотворно сотрудничал с профессором Ильей Иосифовичем Каганом. Они совместно подготовли ряд кандидатских диссертации:

1. 1. Иджян Игорь Робертович, врач хирург МГКБ им.Н.И. Пирогова защитил диссертацию в 2002 году «Анатомо-экспериментальное обоснование применения микрохирургической техники при операциях на тонкой кишке»;
2. 2. Забиров Эдуард Мхаматович, ведущий сосудистый хирург сосудистого отделения МГКБ им. Н.И.Пирогова, защитил диссертацию в 2005 году «Шунтирование и пластика подвздошных вен аутовенозным клапаносодержащим трансплантатом»;
3. 3. Мамыко Павел Александрович, заведующий хирургическим отделением городской больнице г.Кузнецка, главный хирург г. Кузнецка, защитил диссертацию в 2005 году «Анатомо-экспериментальное обоснование применения каркасного устройства из деминерализованной кости в восстановительной хирургии вен нижних конечностей»;
4. 4. Лайков Алексей Владимирович, заведующий отделением ультразвукой диагностики, зищитил диссертацию в 2008году «Ультразвуковая анатомия вен нижних конечностей и их клапанного аппарата в норме и при венозной патологии».

Б.Г. Нузов сотрудничал и Геннадий Иосифовичем Корнеев, подготовив кандидатскую диссертацию Ващенко Е.В., которая была защищена в 2002 году «Сочетанное применение милиацила и лазерного излучения в комплексном лечении гнойных ран». Под руководством Б.Г. Нузова и А.А. Стадникова вышла докторская диссертация О.Б.Нузовой «Клинические и морфофункциональные особенности репаративной регенерации трофических язв нижних конечностей при их комплексном лечении с местным использованием милиацила и физических методов», которая была утверждена в мае 2011 года.

Борис Григорьеви большое внимание уделял и студенческой науке, именно благодаря ему кафедра факультетской хирургии четыре года подряд с 2008 – 2011 года занимала первое место в номинации лучший студенческий кружок среди клинических кафедр Оренбургской государственной медицинской академии.В клинике были внедрены в течение последних лет такие методы исследования, как ультразвуковая диагностика заболеваний артерий, вен, панкреатобилиарной зоны, компьютерная томография. Применяются новые методы лечения: использование милиацила и физических методов в лечении трофических язв нижних конечностей, гнойных ран, гнойно-некротических форм диабетической стопы, острого варикотромбофлебита, реконструктивные операции на сосудах, лапароскопические операции. Дела Бориса Григорьевича Нузова продолжаются. В настоящее время готовятся к защите его ученики Магомедов А.Р. и Соболев Ю.А.