В 2007 педиатрическому факультету исполнилось 37 лет. У истоков создания факультета стояли доценты В.А. Архиреева, Г.П.Бондаренко, Б.А.Сенников. 1 сентября 1975 года – в институте была организована кафедра госпитальной педиатрии. С первого дня кафедрой заведовала доцент М.Н. Рахманова. Через 7 лет кафедра была реорганизована в кафедру педиатрии №2, которую продолжала возглавлять теперь уже профессор М.Н. Рахманова. Научная тематика кафедры тех лет - состояние естественной резистентности у новорожденных детей при различной патологии. В 1987 году кафедра педиатрии №2 была реорганизована в кафедру поликлинической педиатрии, возглавляемую профессором М.Н.Рахмановой, а кафедра педиатрии №1 - в кафедру клинической — педиатрии, возглавляемую профессором В.А.Архиреевой. И только с 1 сентября 1990 года - в результате очередной реорганизации кафедры клинической педиатрии - началась новая страница в истории кафедры госпитальной педиатрии под руководством профессора В.А.Архиреевой. Основным научным направлением кафедры до 1991 года была нефрология. С 1990 года второй научной проблемой кафедры является бронхо-легочная патология у детей.
Новый этап в жизни кафедры под руководством профессора М.А.Скачковой начался с февраля 1999 года. Маргарита Александровна Скачкова, ученица профессора Г.П. Бондаренко, отличник здравоохранения РФ, врач высшей категории, главный внештатный детский пульмонолог ГУЗО Администрации Оренбургской области, автор 204 научных трудов, соавтор монографии "Экология человека на урбанизированных и сельских территориях" (2003г.,391с.), работает в ОГМА с 1974 года.
Научной тематикой кафедры продолжает оставаться проблема заболеваний органов дыхания у детей Оренбуржья.